Non vedo problemi nel trapiantare un BPM su una Frisbee, solo che la centralina di serie impedirà al motore di esprimere la potenza di 500W essendo regolata per 250W continui. Per la batteria nessun problema se lasci la centralina di serie, ma se la sostituisci per aumentare le prestazioni del motore avrai autonomia ridotta e le la batteria si deteriorerà in breve tempo a causa della forte richiesta di corrente.
Non penso, e comunque ti resterebbe il problema che le batterie da 36V-14Ah non sono adatte ad un motore da 500W continui e 900W di picco! Dovresti montare un'altra chimica. I mezzi nascono con un equilibrio che è frutto di anni di prove e anche di qualche compromesso, se vai a sostituire un pezzo devi rivedere tutto il progetto, altrimenti avrai un risultato deludente.